Gagasan Islamisasi ilmu merupakan program epistimologi dalam rangka membangun (kembali) peradaban Islam, yang selama ini terkungkung dalam dualisme pengetahuan. Hal ini disebabkan karena adanya perbedaan yang fundmental antara keilmuan dalam islam dengan peradaban barat pada tataran ontologi dan epistimologi. Pada sisi ontologi, barat hanya menjadikan nyata sebagai objek kajian, sehingga mereka membatasi akal dan pancaindra (empiris) sebagai epistimologinya.Epistimologi demikian tampak jelas pada logika positivisme, bahwa sumber pengetahuan hanya terdiri dari pancaindra bahwa sumber pengetahuamn hanya terdiri dari pancaindra (empiris ) serta akal, sehingga sesuatu dianggap (ilmu) dan mengandung “kebenaran” manakala bisa dibuktikan dengan menggunakan perivikasi logis dan verivikasi empiris. Sedangkan perspektif keilmuan dalam Islam mementungkan alam “alam ghayb” (methapisic) alam syahadah ,(physic), serta menerima sebagai penimbang kedua alam itu. Dengan demikian dalam keilmuan Islam berupaya memadukan antara unsur kosmologis,antropologis, dan teologis,yang masing masing berpusat pada penguatan tauhid.untuk itu, pembelajaran dalam pendidikan Islam di arahkan pada konsep tauhid sebagai ultimate goal pada setiap prosesnya.dalam tauhid,manusia bukan saja bebas dan merdeka, tetapi juga memiliki kedudukan sama tanpa adanya superioritas,secara langsung menunjukkan hilangnya penyekat kolektivitas manusia, baik dalam wujud suku bangsa, atau sekedar kelas sosial dalam konsepsi pendidikan Islam.