Tulisan ini bertujuan untuk mengurai politik pendidikan Islam dan problematika identitas Muslim pada pondok pesantren modern. Filsafat yang diyakini pada pondok pesantren adalah berdasarkan agama Islam, dan selanjutnya melandaskan filsafat pendidikan atas prinsip-prinsip filsafat yang dianutnya. Kalau pada mulanya tujuan utama pesantren adalah menyiapkan santri dalam mendalami dan menguasai ilmu pengetahuan agama (tafaqqahu fi al-din), lembaga pengkaderan ulama (reproduction of ulama) tempat pengajaran ilmu agama (transfer of Islamic knowledge), memelihara tradisi islam (maintenance of Islamic tradition). Pembentukan karakter (character building) yang islami. Dilain pihak pondok Pesantren sebagai lembaga pendidikan, tetapi juga lembaga keagamaan dan lembaga sosial yang tentunya peran pesantren pun melebar menjadi agen pembaharuan. Dalam pandangan Islam politik pendidikan nasional seyogyanya memiliki demensi. Untuk mengatasi problem identitas muslim dimensi tersebut diatas sangat mempengaruhi identitas muslim karena secara substantif, Islam di mana pun sama, yaitu agama Allah yang dibawakan oleh Nabi Muhammad Saw sebagai petunjuk bagi umat manusia. Akan tetapi manakala Islam berjumpa dengan budaya atau tradisi lokal di daerah mana pun senantiasa memunculkan ekpresi yang berbeda dan beranekaragam, sebanyak perjumpaannya itu. Dengan demikian, munculnya berbagai identitas Islam belakangan ini tidak perlu direspons dengan kecurigaan-kecurigaan yang berlebihan. Bahkan identitas Islam itu bisa makin beragam lagi ketika tipologi pemikiran, pemahaman dan pengamalan Islam itu ditinjau dari berbagai perspektif.