Lembaga pendidikan Islam Dayah merupakan tradisi belajar mengajar Islam yang telah ada sejak masuk dan berkembangnya Islam ke Nusantara pada abad ke-8 Masehi. Perkembangan institusi Dayah sejak kemunculannya mengalami pasang surut dengan perubahan sosial yang terjadi di masyarakat Aceh. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan dan memberikan interpretasi atas perubahan institusi pendidikan Islam Dayah pasca kemerdekaan Indonesia yang menjadi momentum kebangkitannya pasca penjajahan dan perkembangannya pasca reformasi, khususnya sejak ditetapkannya Undang-Undang Pemerintahan Aceh No.11 Tahun 2006. Penelitian ini dilakukan secara sengaja di Dayah di Aceh. Untuk menggali data terkait, penelitian ini melakukan wawancara terhadap sejumlah informan yang terdiri dari Praktisi Dinas Pendidikan, Abu, Teungku dan pengurus Dayah di Aceh. Untuk mendukung data terkait, penelitian ini juga menggunakan observasi dan studi dokumenter tentang Dayah. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa perkembangan Dayah pasca kemerdekaan Indonesia sangat dipengaruhi oleh jaringan Dayah Darussalam Labuhan Haji Aceh Selatan yang dikembangkan oleh Abuya Syeikh Muhammad Wali Al-Khalidy. Sementara itu, perkembangan Dayah pasca reformasi mulai bergeser pengelolaannya dari pola berbasis masyarakat menjadi berbasis pemerintahan dengan melibatkan Pemerintah Aceh melalui Dinas Pendidikan Dayah berupa pengawasan, pengawasan mutu dan penguatan kapasitas manajerial sebagai wujud implementasi Undang-Undang Pemerintahan Aceh Nomor 11 Tahun 2006.