Penelitian ini bertujuan untuk menguji kinerja saham syariah di Bursa Efek Indonesia melalui indeks ISSI, JII, dan portofolio yang dibentuk secara acak dari kelompok saham syariah kemudian membandingkannya dengan kinerja portofolio konvensional melalui tujuh indeks dan portofolio yang dibentuk secara acak dari kelompok saham konvensional. Penelitian ini juga menguji faktor-faktor fundamental perusahaan yang memengaruhi kinerja saham syariah dan membandingkannya dengan faktor yang memengaruhi kinerja saham konvensional. Data yang digunakan dalam penelitian berjumlah 355 emiten terdiri dari 134 emiten saham syariah dan 221 emiten saham konvensional pada periode waktu 2011—2015. Metode yang digunakan untuk mengukur kinerja saham adalah risk-adjusted model dengan empat pendekatan Sharpe, Treynor, M2, dan Jensen’ Alpha. Analisis regresi linear berganda menggunakan metode Ordinary Least Square (OLS) dengan Cross Random Model. Hasil pengujian dan pengukuran menunjukkan bahwa secara umum sepanjang 2011—2015 kinerja portofolio saham konvensional mengungguli portofolio syariah. Namun demikian pada periode krisis global akhir tahun 2011 dan 2012 kinerja portofolio saham syariah mengungguli portofolio saham konvensional, ini memperkuat hasil penelitian yang mengatakan bahwa kinerja saham syariah lebih baik ketika krisis karena investor melakukan mekanisme hedging. Faktor fundamental yang memengaruhi kinerja saham syariah berbeda dengan faktor yang memengaruhi kinerja saham konvensional, terutama pada debt to equity ratio, yang menunjukkan hubungan positif signifikan pada saham syariah dan hasil sebaliknya pada saham konvensional menunjukan hubungan negatif walaupun tidak signifikan secara statistik.