Identitas politik orang Papua dianggap sebagai ras Melanesia dengan ciri-ciri yaitu orang yang berkulit hitam, rambut keriting dan beragama Kristen. Identitas politik semacam itu dipergunakan oleh orang-orang elit Papua sebagai alat perpolitikan, namun politik identitas tersebut menjadi agak berbahaya berkaitan dengan identitas Papua yang inklusif dan toleran. Pada kenyataannya, orang Papua asli dapat dibedakan menurut identitas agama mereka yang terdiri dari orang Kristen, Katolik dan Muslim. Hal tersebut menandakan bahwa ruang perdebatan untuk menentukan politik identitas Papua ditandai dengan proses negosiasi Kristen Papua (orang Papua yang beragama Kristen) dan Muslim Papua (orang Papua yang beragama Islam). Perbedaan penafsiran dari identitas Papua dibangun oleh para intelektual dan elit Papua yang ingin bersinggungan langsung dengan pengembalian identitas asli (re-papuanization). Artikel ini akan mengarah pada metode orang Islam dan Kristen Papua dalam mempertahankan identitas mereka dan mendapatkan pengakuan sebagai bagian dari orang Papua. Artikel ini mencoba menjawab tiga pertanyaan terkait dengan (1) bagaimana Muslim Papua membangun identitas budaya mereka pada masa otonomi khusus; (2) bagaimana Muslim Papua memperjuangkan identitas budaya mereka bersamaan dengan Muslim imigran; dan (3) bagaimana Muslim Papua memperjuangkan identitas budaya mereka bersama dengan orang Kristen Papua.