Pesantren memiliki ciri khas kepemimpinan otoritarianisme. Sistem kepemimpinan ini menjadi model dalam organisasi pesantren, khususnya pesantren tradisional. Kiai sebagai pemimpin memiliki peran dan pengaruh yang sangat kuat terhadap aktivitas pesantren. Sedangkan santri, sebagai kaum pelajar diharuskan memiliki format ketaatan dan kepatuhan yang tinggi kepada kiai. Doktrin yang dipahami dan dianut oleh santri di pesantren adalah Sami’na wa at}a’na (kami mendengar dan kami mematuhinya). Doktrin ini sekaligus menjadi ciri khas penanaman moral atau Akhlâk al-karîmah kepada para santri yang belajar di pesantren tersebut. Trikotomi muslim Jawa yang dibuat oleh Clifford Geertz (Santri, Priyayi, dan Abangan) sangat membantu tulisan ini untuk memahami hubungan kiai dan santri. Begitu pula, kajian Martin van Bruinessen tentang pesantren dan kitab kuning, cukup membentuk dalam mengidentifikasi tradisi dan sumber doktrin yang dianut oleh masyarakat pesantren. Berdasarkan kedua sumber tersebut dan beberapa sumber pendukung, tulisan ini menguatkan tesis bahwa kepemimpinan otoriter yang dijalankan di pesantren merupakan dampak dari hubungan kiai dan santri yang bersifat patron-klien. Hubungan ini sangat berguna untuk menjaga kewibawaan kiai dan menanamkan pendidikan moral yang baik kepada santri.