Penelitian ini bertujuan menganalisis masalah yang dihadapi oleh pondok-pondok pesantren yang ada di Gresik dan peran aktif mereka berpartisipasi dalam pelaksanaan tujuan pendidikan nasional Indonesia. Penelitian ini menggunakan studi kasus dengan pendekatan kualitatif. Jumlah partisipan dalam penelitian ini meliputi Pengasuh /pimpinan pondok  pesantren, guru/ustadz Pengajar, dan pengelola yang bekerja di basis pendidikan islam tersebut. Pengumpulan data dilakukan dengan teknik observasi, wawancara, dan teknik diskusi kelompok. Hasil observasi disajikan secara deskriptif. Analisis data hasil wawancara dimulai dengan mentranskrip hasil, melakukan pengecekan ulang, menghilangkan bagian yang tidak diperlukan, dan mengodifikasi hasil untuk dijadikan tema-tema. Data hasil diskusi kelompok disajikan untuk memperkuat data hasil wawancara, dikodifikasi, dan dianalisis. Pemeriksaan keabsahan data menggunakan triangulasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat beberapa problematika yaitu kurangnya tenaga pengajar yang berkualitas, metode pengajaran yang masih bersifat tradisional dan belum banyak variasi, kebijakan kurikulum yang berubah- ubah, fasilitas pendidikan yang belum memadai, dan keuangan pesantren yang belum dapat mencukupi.