<p>Kemajuan iptek memiliki dampak negatif dan positif, dimana dampak negatif juga banyak berimbas kepada para siswa. Informasi yang negatife dan sajian yang vulgar dapat diakses kapan saja dan hal tersebut memberikan peluang bagi siswa untuk meniru perbuatan-perbuatan yang negatife terutama dalam masalah seksualitas, free sex, aborsi, narkoba, dan HIV/AIDS. Hal ini disebabkan antara lain karena para siswa yang kurang memiliki pengetahuan reproduksi yang diintegrasikan dengan dengan nilai-nilai agama. Adanya proses pembelajaran biologi berbasis nilai IMTAQ diharapkan siswa akan memiliki keterampilan berfikir kritis yang dapat diukur berdasarkan parameter sikap dan hasil belajar. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui aktifitas siswa, perbedaan peningkatan hasil belajar serta respon siswa. Penelitian ini dilaksanakan di SMAN 1 Ciwaringin pada kelas XI IPA 1 (Kelas eksperimen) dan kelas XI IPA 3 (kelas kontrol) dengan menggunakan Pretest-Posttest Control Group Design. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah tes, observasi dan angket. Data yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan uji statistik meliputi uji normalitas, uji homogenitas dan uji beda hipotesis dengan software SPSS V.16.0. Hasil penelitian menunjukan bahwa aktivitas belajar siswa melalui penerapan pembelajaran biologi berbasis IMTAQ mengalami peningkatan pada setiap pertemuannya. Terdapat perbedaan peningkatan keterampilan berpikir kritis siswa yang signifikan antara kelas eksperimen dan kelas kontrol, hasil rata-rata N-Gain sebesar 0,66 (kriteria sedang) pada kelas eksperimen dan 0,52 (kriteria sedang) pada kelas kontrol. Respon siswa secara keseluruhan sebesar 59 % dengan kriteria sangat kuat, artinya siswa memberikan respon positif terhadap pembelajaran biologi berbasis IMTAQ.</p><p><strong>Kata Kunci : Penerapan Pembelajaran Biologi Berbasis Imtaq, Keterampilan Berfikir Kritis</strong></p>