Ketidakpuasan atas hasil pendidikan yang berbau barat sebagai imbas dari globalisasi dan modernisasi, melahirkan harapan besar umat muslim untuk mengangkat model dan pola pendidikan Islam sebagai solusi alternatif pengganti paradigma pendidikan Barat. Sementara itu, pendidikan Islam diyakini mampu mengintegrasikan ketiga dimensi kemanusiaan ke dalam satu bingkai konstruksi integral dan saling menunjang, yaitu visi Ilahiyah, nilai-nilai spiritual, dan nilai-nilai material. Lembaga pendidikan yang tepat untuk hal ini adalah Pondok Pesantren. Namun demikian untuk mewujudkan pendidikan Islam yang ideal maka mutlak diperlukan pembaruan-pembaruan dalam berbagai dimensi. Cita-cita mewujudkan pendidikan Islam ideal baru bisa dicapai bila ada upaya membangun epistemologinya. Sebab problem utama pendidikan Islam adalah problem epistemologinya. Epistemologi pendidikan Islam perlu dirumuskan secara konseptual untuk menemukan syarat-syarat dalam mengetahui pendidikan berdasarkan ajaran-ajaran Islam. Dalam hal ini, pondok pesantren harus mampu merumuskan peran di tengah arus modernisasi yang sudah tentu harus komprehensip dan holistic. Artinya, harus kental dengan aroma keislamannya dan tidak acuh dengan perubahan modernisasi, serta mampu mengartikulasikan perkembangan zaman dalam rangka merespon dan menjawab segala problemnya. Dalam konteks ini Abdurrahman Wahid dan Nurcholis Madjid mampu memberikan terobosan untuk sekedar membuat poros perubahan pada diri Pondok pesantren baik kurikulum, kepemimpinan maupun kelembagaan.