Madrasah sebagai salah satu lembaga pendidikan tertua, dalam perkembangannya senantiasa mengalami perubahan sebagai dampak dari adanya perubahan dalam masyarakat. Perubahan ini terjadi dilatari penyesuaian lembaga pendidikan atas kebutuhan masyarakat dan keterakarannya dalam karakteristik masyarakat setempat. Oleh karena itu madrasah harus selalu menyesuaikan diri dengan segala pembaharuan dan inovasi yang diperlukan guna meningkatkan kualitas madrasah, salah satu inovasi tersebut adalah dengan digagasnya Madrasah Terpadu Model Pondok Pesantren. Di MAN Lumajang, pengembangan kultur pondok pesantren dengan konsep Madrasah Terpadu Model Pondok Pesantren dilakukan secara komprehensif. Kultur pondok pesantren di MAN Lumajang terealisasi pada pelaksanaan kegiatan sehari-hari. Selain itu konsep keterpaduan diketahui dari 2 sudut, yaitu keterpaduan fisik dan non fisik. Keterpaduan fisik dapat diketahui dari keterpaduan fisik MAN Lumajang dengan MTsN Lumajang yang berada dalam satu lokasi gedung, yang didesain model pesantren seperti adanya Islamic Center. Sedangkan keterpaduan non fisik dapat diketahui dari pengembangan konsep yang menyatukan konsep knowing-being-doing-living together, dan konsep pengembangan kultur yang dilaksanakan secara komprehensif.