Lembaga pendidikan Islam memiliki peranan yang sangat besar dalam pendidikan nasional. Hal ini disebabkan lantaran pendidikan nasional tidak dapat dipisahkan dengan nilai-nilai agama. Nilai-nilai ilahiah telah dijadikan basis dalam pelaksanaan setiap proses pembelajaran di dalam lembaga pendidikan Islam. Lembaga pendidikan Islam selain mendorong siswa dalam aspek keagamaan yang kuat juga membubuhkan pembelajaran dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi yang tidak kalah bila dibandingkan dengan lembaga pendidikan umum sederajat. Hal itu disebabkan oleh pengaruh dari ide-ide pembaruan yang berkembang di dunia Islam dan kebangkitan bangsa Indonesia sehingga sedikit demi sedikit pelajaran umum masuk ke dalam kurikulum madrasah. Buku-buku pelajaran agama mulai disusun khusus sesuai dengan tingkatan madrasah, seperti halnya buku pengetahuan yang belaku di sekolah-sekolah umum. Dari hal tersebut, pengelolaan lembaga madrasah dalam rangka peningkatan mutu pendidikan, harus memuat lima hal penting: aspek manajemen, pemanfaatan komputer dan internet dalam pembelajaran, budaya kerja tim (team work), pemanfaatan alat bantu pembelajaran dan keterlibatan guru, siswa, orang tua dan stakeholder. Islamic institution education has important roles in national education. Because, national education cannot be separated from religion values. The values from God are used as basis to do teaching and learning activities in Islamic education. In Islamic education, the students are equipped not only religion knowledge but also science and technology. The development of ideas renewal in Islamic world as it is felt in Indonesia, general science little by little is included in the curriculum of madrasah. The course books of religion are specifically arranged based on the level of the madrasah as it is done for general science books used in non madrasah school. For those, in the effort to improve the quality of education there must be at least five aspects covered, they are management, utility of computer and internet during the process of teaching and learning, team work culture, utility of assisted tools and involvement of teacher, student, parents, and stakeholder.