Pergumulan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dalam diskursus integrasi keilmuan, berujung pada pembangunan paradigma keilmuan yang berciri-khas, yaitu integrasi-interkoneksi. Satu dasawarsa berjalan, universitasitu telah mengembangkan tradisi akademik baru, yang ditandai denganpola pengembangan bidang penelitian dan produk-produk karya ilmiah sivitas akademikanya. Artikel ini mengungkap pengembangan keilmuan sebagaimana ditunjukkan pada karya dosen-dosennya. Dengan perspektif filsafat ilmu, kajian ini melihat implementasi paradigma UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta pada tataran pola pengembangan ilmu. Oleh karena itu, objek kajiannya adalah buku-buku karya dosen melalui metode survei kritis, satu model penelitian dengan melakukan pembacaan, memahami maksud, membandingkan dan mengindentifikasi aspek-aspek tertentu dalam kerangka pembacanya. Secara umum, karya-karya dosen bercorak memperkokoh, mengembangkan, dan mem-breakdown paradigma keilmuan yang dikembangkannya. Meski demikian, ada beberapa karya yang merupakan penerapan dari empat model aplikasi pengembangan keilmuan,yaitu komplementasi, konfirmasi, kontribusi, dan komparasi. Pola ini ternyata menempatkan al-Qur’an dan al-Sunnah pada posisi yang sejajar dengan konsep, teori, dan temuan sains padahal hingga di bangunan paradigma “spider web”-nya, kedua sumber itu berposisi sebagai “sentral keilmuan”. The involvement of UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta in the integration of scientific discourse, led to the development of distinctively scientific paradigm, namely integration-interconnection. A decade running, the university has developed a new academic tradition, characterized by patterns of development in the field of research and the products of scientific work of the academic community. This article reveal the scientific development as shown in the workof the lecturers. With the perspective of philosophy of science, this study sees the implementation of UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta paradigm on the level of science development pattern. Therefore the object of the study is the books of lecturers through critical survey methods, a model of research by reading, understanding the purpose, comparing and identifying certain aspects in the frame of the reader. In general, the works of the lecturers is to strengthen, develop, and detailing the scientific paradigm, which he developed. However, there are some works which is the application of the four models of the application of scientific development, namely complementation, confirmations, contributions, and comparisons. This pattern turns placing al-Quran and al-Sunnah in a position parallel with the concepts, theories, and scientific findings, while in the paradigm building of “spider web”, both sources playsas “central of science”.