Karakteristik morfologis dan histologis saluran pencernaan kelelawar pemakan buah, Cynopterus brachyotis belum banyak diketahui. Tujuan penelitian ini adalah mendeskripsikan dan membandingkan karakter morfologis dan histologis saluran pencernaan kelelawar pemakan buah, Cynopterus brachyotis. Total 10 sampel kelelawar ditangkap menggunakan metode jaring kabut di kawasan Kampus FMIPA Universitas Mulawarman Gunung Kelua, Samarinda dan dilanjutkan di Laboratorium Anatomi dan Histologi Hewan FMIPA, Universitas Mulawarman untuk dilakukan proses pembedahan, pengukuran dan pembuatan sayatan histologis. Hasil penelitian menunjukkan secara morfologi, esofagus berupa saluran pendek memiliki panjang berkisar 30,90 – 59,49 mm. Bagian lambung terdiri atas daerah fundus, corpus dan pilorus memiliki panjang berkisar 17,48 – 34,45 mm dan diameter berkisar 4,11 – 5,83 mm. Usus berupa saluran berbelit belit dengan diameter hampir seragam, memiliki panjang berkisar 435,51 – 870,63 mm, tanpa sekum atau apendik. Secara histologi dinding saluran pencernaan terdiri atas tunika mukosa, tunika submukosa, tunika muskularis dan tunika serosa. Esofagus berdinding tipis terdiri atas 2 lipatan yang dibentuk oleh mukosa dan submukosa. Tunika mukosa pada lambung  terdiri atas 13 - 15 lipatan dengan sumur gaster relatif sempit dan dangkal. Permukaan lumen pada  usus kecil ditutupi oleh sejumlah filli yang relatif panjang dengan beberapa sel khusus seperti sel goblet dan eritrosit. Filli pada permukaan mukosa usus besar tidak ditemukan dan jumlah sel goblet lebih banyak dari pada usus halus. Perbandingan dengan spesies kelelawar pemakan serangga menunjukan perbedaan pada bentuk lambung dan panjang usus serta ketebalan pada lapisan tunikanya.