Mobile commerce atau m-commerce merupakan sistem perdagangan elektronik (e-commerce) yang menggunakan peralatan bergerak seperti telepon genggam, telepon pintar, PDA, dan notebook. Dengan pertumbuhan pengguna telepon pintar (smartphone) di seluruh dunia, banyak pemilik bisnis perdagangan elektronik yang juga menyediakan aplikasi m-commerce untuk mempermudah para pelanggannya dalam bertransaksi. Selain memberikan kenyamanan bagi pengguna, penyedia aplikasi m-commerce harus dapat memastikan bahwa pelanggan dapat bertransaksi dengan aman. Resiko keamanan merupakan salah satu kendala besar dalam perkembangan sistem perdagangan elektronik. Oleh karena itu, pada penelitian ini diterapkan metode pengamanan aplikasi m-commerce menggunakan one time password (OTP) yang dibangkitkan dengan metode Pseudo Random Number Generator (PRNG). Penelitian ini juga melakukan modifikasi terhadap algoritme PRNG dengan melakukan tiga kali proses bit shifting dan menambahkan algoritme enkripsi. Hasil pengujian menunjukkan bahwa sistem dapat membangkitkan OTP yang selalu unik untuk setiap transaksi. Hasil penelitian ini bermanfaat bagi pengembang aplikasi m-commerce untuk mengamankan aplikasinya.