Pesantren sebagai institusi pendidikan Islam tertua di Indonesia berperan penting dalam memajukan perkembangan pendidikan Indonesia. Dewasa ini, perkembangan pesantren memperlihatkan kemajuan yang signifikan yang ditandai oleh semakin banyak pesantren yang melakukan pembaharuan dalam berbagai aspek, seperti inovasi kurikulum, manajemen pengelolaan, kepemimpinan dan metode pembelajaran. Pesantren yang dikenal sebagai institusi pendidikan tradisional menunjukkan sikap progresif dengan melakukan berbagai perubahan dan inovasi sebagai upaya memajukan sistem pendidikannya. Kecenderungan positif ini mematahkan sikap skeptis kalangan yang beranggapan bahwa pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam yang anti perubahan. Isu-isu seperti sekularisme, dikotomi, dan globalisasi berpengaruh terhadap perubahan pendidikan pesantren. Artikel ini secara spesifik membahas isu-isu tersebut melalui analisis telaah pustaka. Pesantren sebagai institusi pendidikan Islam diharapkan mampu bergerak maju sebagaimana majunya zaman. Pesantren sebagai institusi pendidikan Islam tetap berprinsip mempertahankan tradisi dan ciri khas dan terbuka terbuka terhadap pembaharuan.