Pendidikan harus tanggap, inovatif dan aspiratif sesuai dengan apa yang dibutuhkan masyarakat. Penelitian ini mendeskripsikan tentang inovasi pembelajaran Pendidikan Agama Islam melalui Sistem Kredit Semester (SKS). Adapun inovasi pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) melalui Sistem Kredit Semester (SKS) dapat diinovasi dalam hal kurikulum, materi, metode dan evaluasi pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI). Inovasi terhadap kurikulum dengan Sistem Kredit Semester dengan pola kontinu. Inovasi  terhadap materi dilakukan dengan membagi mata pelajaran PAI menjadi 4 mata pelajaran yang terdiri dari PAI 1 Fikih, PAI 2, Akhalk, PAI 3 Al-Qur’an Hadits dan PAI 4 SKI. Inovasi metode pembelajaran yang ditawarkan untuk diterapkan secara keseluruhan dalam mata pelajaran Pendidikan Agama Islam ialah student centered atau pembelajaran yang berpusat pada peserta didik dan pembelajaran kolaboratif. Adapun inovasi evaluasi pembelajaran secara umum dilakukan dengan memperhatikan dan berpegang pada karakteristik dan prinsip-prinsip pengembangan evaluasi yang tetap mengacu sesuai model evaluasi atau penilaian pada kurikulum 2013.