Pondok pesantren kerap dipersepsikan sebagai lembaga pendidikan yang hanya mengajarkan pengetahuan Agama. Padahal, pada kenyataannya tidak demikian. Meskipun pandangan tersebut tidak sepenuhnya juga salah, sebab, kenyataannya persepsi itu muncul disebabkan oleh watak dan karakteristik pondok pesantren yang selama ini bertahan dalam menjaga nilai-nilai tradisionalisme. Menjadi tidak tepat, manakala ada pandangan yang menyudutkan lembaga pondok pesantren sebagai institusi yang jumud dan anti perubahan, sehingga dianggap menghambat kemajuan pendidikan di Indonesia. Artikel ini memfokuskan pada pokok bahasan tentang pondok pesantren sebagai institusi yang berorientasi pada keseimbangan antara pengetahuan agama dan umum. Temuan dalam tulisan ini adalah, (1) pondok pesantren merupakan institusi pendidikan yang unggul. Keunggulannya itu dibuktikannya, secara struktural, institusional, dan kebudayaan, bahwa pondok pesantren mampu mengelaborasikan model pendidikan Islam terintegratif sebagai wujud nyata dalam mempraktikkan prinsip-prinsip pendidikan non dikotomi. (2) secara paradigmatis, kultur, praktik, bahwa persepsi pondok pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam dikotomi, terbantahkan. Sebab, pondok pesantren merupakan satu-satunya lembaga pendidikan Islam yang sukses dalam mewujudkan keunggulan modernisme dan kearifan tradisionalisme.