Era otonomi daerah yang secara resmi mulai diberlakukan di Indonesia sejak 1 Januari 2001 menghendaki daerah untuk berkreasi dalam mencari sumber penerimaan yang dapat membiayai pengeluaran pemerintah daerah dalam rangka menyelenggarakan pemerintahan dan pembangunan. Dari berbagai alternatif penerimaan daerah, Undang-Undang tentang Pemerintahan Daerah dan juga Undang-undang tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah menetapkan pajak dan retribusi daerah sebagai sumber Pendapatan Asli Daerah (PAD) yang bersumber dari dalam daerah itu sendiri. Sebagai landasan hukum yang merupakan dasar hukum pungutan Pajak Daerah dan Retribusi Daerah yaitu Undang-undang Nomor 18 tahun 1997 tentang pajak Daerah dan Retribusi Daerah sebagaimana telah diubah terakhir dengan Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2009 yang berlaku sejak 1 Januari 2010. Pemungutan retribusi Boarding pass agar bisa berjalan dengan maksimal tentu saja harus di dukung dengan sistem yang baik dan benar. Hanya saja sistem yang dirancang oleh manusia juga tidak terlepas dari kelemahan,  sehingga seringkali terjadi kesalahan (Error) yang menghambat berjalannya pemungutan retribusi tersebut. Hal ini terjadi tidak saja dalam hal pemungutan bisa juga terjadi dalam hal pencatatan penerimaan retribusi. Penerapan sistem yang sedemikian sebenarnya sangat efektif untuk mendongkrak Pendapatan Asli Daerah (PAD). Hasil analisa statistik yang menggambarkan keadaan atau kondisi responden dengan  nilai rata-rata yang cukup tinggi pada variabel sistem retribusi boarding pass pelabuhan  atau pas masuk pelabuhan menunjukkan bahwa sistem ini cukup memudahkan para penumpang kapal untuk melakukan perjalanan. Sama halnya dengan nilai rata-rata dari sistem pengendalian intern yang  juga menunjukkan cukup tinggi,  itu menunjukkan bahwa sistem pengendalian intern yang ada di PT. Pelindo sudah berjalan cukup baik.