Bakteri Indigen adalah bakteri asli yang memiliki kemampuan untuk mereduksi senyawa berbahaya termasuk logam berat Pb. Bakteri indigen yang diisolasi dari limbah cair tepung agar diketehui memiliki kemampuan mereduksi logam berat Pb adalah Bacillus alvei, Bacillus pumilus dan  Bacillus lichenformis. Kemampuan bakteri dalam mereduksi logam berat Pb disebabkan karena adanya gen resisten, yaitu gen smtAB. Gen smtAB merupakan gen yang bekerja untuk menghasilkan protein pengikat logam berat yang disebut metallothionein. Setiap bakteri memiliki gen resisten logam berat yang berbeda, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies bakteri yang memiliki gen smtAB pada bakteri yang diisolasi dari limbah cair agar. Jenis penelitian yang dilakukan adalah deskriptif kualitatif. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap, yaitu peremajaan isolat bakteri, kultur isolat bakteri, isolasi DNA dengan Presto™ Mini gDNA Bacteria Kit, Elektoforesis, amplifikasi gen smtAB dan konfirmasi sekuens dengan hasil sekuensing amplikon.  Berdasarkan hasil amplifikasi, bakteri indigen limbah cair agar yang memiliki gen smtAB adalah bacillus alvei. Isolasi gen smtAB yang diakukan menghasilkan sekuen yang tidak spesifik dengan gen target.