Tujuan penelitian untuk mendeskripsikan secara mendalam tentang perencanaan supervisi PPAI Kota Jayapura dalam peningkatan kompetensi guru madrasah. Jenis penelitian ini adalah penelitian lapangan bersifat deskriptif kualitatif. Pendekatan penelitian menggunakan pendekatan teologis normatif, yuridis normatif, pedagosis, sosiologis. Sumber data primer penelitian ini adalah 43 informan di Kota Jayapura yaitu; 1 orang Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Jayapura, 1 orang Kepala Seksi Pendidikan Islam, 1 orang Pengawas PAI, 1 orang kepala Balai Diklat Keagamaan Provinsi Papua, 1 orang petugas di LPMP (Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan) Provinsi Papua, 19 orang Kepala Madrasah, dan 19 guru PAI yang dijadikan sasaran pengamatan serta laporan pengawas. Metode pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara, dokumenasi dan penelusuran referensi. Instrumen utama penelitian ini adalah peneliti sendiri, buku catatan, HP sebagai alat perekam dan alat photo. Teknik pengolahan data menggunakan model analisis Miles and Huberman (pengumpulan data, reduksi data, penyajian data, penarikan kesimpulan). Pengujian keabsahan data dalam penelitian ini menggunakan triangulasi sumber, triangulasi teknik, dan triangulasi waktu. Hasil penelitian menunjukkan bahwa PPAI Kota Jayapura telah melakukan 9 indikator perencanaan supervisi. Perencanaan supervisi bersifat umum. Belum didapati penjelasan rinci tentang data-data evaluasi supervisi guru-guru madrasah tahun sebelumnya (2016/2017). Hal ini menimbulkan ketidak jelasan rencana supervisi yang dilakukan PPAI terhadap masing-masing guru madrasah tahun pelajaran 2017/2018.