Penelitian ini bertujuan mengetahui efektifitas pembelajaran pendidikan agama Islam dan pendidik humanis menangkal isu-isu keislaman pada generasi millennial muslim di Tapanuli bagian Selatan. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode deskriptif. Sumber data penelitian  terdiri dari sumber data primer adalah mahasiswa program studi Pendidikan Agama Islam yang aktif T.A 2018/2019 di Perguruan Tinggi Agama Islam Tapanuli bagian Selatan berjumlah 10 orang per perguruan tinggi. Sumber data skunder adalah Ketua Program Studi.   Pendidikan Agama Islam dan tenaga pendidik yang mengajar di prodi PAI. Teknik pengumpulan data adalah: observasi langsung, wawancara mendalam dan studi dokumen. Adapun analisis data adalah reduksi data, penyajian  data dan kesimpulan. Untuk menjamin keabsahan data peneliti melakukan triangulasi. Hasil penelitian menemukan bahwa proses pembelajaran pendidikan agama Islam merupakan media dalam mengatasi setiap tantangan dan hambatan. Pendidik humanis dibekali dengan profesionalisme, kemanusiaan dan persaudaraan. Generasi millennial muslim menjadi patron mengatasi dan menangkal isu-isu keislaman, sebagai manusia yang mempunyai landasan pikir.