Abstract: Modernization with various impacts should be anticipated the educator by mastering two competences, science and technology competency and spiritual competency. A weakness in one of those competences makes the students’ development is not balanced which finally lead to their split personality. Therefore, the human potential includes both of competences  must be internalized and developed in students simultaneously. In that context, this research conducted to discuss the implementation of school management based on the pesantren value which is developed at MTs Al – Islam Joresan Mlarak Ponorogo. The approach of this research is qualitative on case study. The results of this research conclude that: (1) Pesantren value developed at MTs Al – Islam Joresan Mlarak Ponorogo is the essential value defined in Five Spirits of Madrasah, (2) The Teachers’ Management at MTs Al – Islam Joresan Mlarak Ponorogo includes: Planning, Recruitment, Selection, Training, Teachers Development, Evaluation of Work Performance, and Compensation, (3) The curriculum management at MTs Al – Islam Joresan covered: the subject planning, curriculum organizing, curriculum implementation, and evaluation of Madrasah programs.Abstrak: Modernisasi dengan berbagai macam dampaknya perlu dipersiapkan pendidik yang memiliki dua  kompetensi sekaligus; yakni Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK) dan nilai-nilai spiritual keagamaan (IMTAQ). Kelemahan di salah satu kompetensi tersebut menjadikan perkembangan anak tidak seimbang, yang akhirnya akan menciptakan pribadi yang pincang (split personality), sebab itu potensi-potensi insani yang meliputi kedua hal tersebut secara bersamaan harus diinternalisasikan dan dikembangkan pada diri anak didik. Dalam konteks itulah penelitian ini berupaya mengupas implementasi manajamen madrasah berbasis nilai-nilai pesantren yang dikembangkan MTs al-Islam Joresan Mlarak Ponorogo. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif studi kasus. Hasil penelitian, menyimpulkan: (1) Nilai-nilai pesantren yang di kembangkan di MTs al-Islam Joresan Mlarak Ponorogo adalah nilai esensial yang dirumuskan dalam panca jiwa. (2) Pengelolaan Guru di MTs al-Islam Joresan Mlarak Ponorogo meliputi: Perencanaan, rekrutmen, seleksi, pelatihan, pengembangan guru, penilaian prestasi kerja, dan kompensasi. (3) Pengelolaan kurikulum di MTs al-Islam Joresan mencakup: perencanaan  mata pelajaran, pengorganisasian kurikulum, pelaksanaan kurikulum, dan Evaluasi terhadap program-program Madrasah.