Kehadiran kiai sebagai penjaga keutuhan , konsistensi pendiriannya, watak dan ideologi kyai menyatu dengan kelembagaan pesantren, maka dalam pesantren konsistensi dan petuah dari seorang pengasuh menjadi sumber pengambilan keputusan. Pengasuh menjadi sumber dan magnet bagi santri untuk selalu patuh dan tunduk dalam kehidupan dilingkungan pondok pesantren. Santri hidup dan  berkembang menjadi bernilai karena telah ditempa dengan kegiatan dan lingkungan yang terpatri dalam jiwa santri. Terbentuknya kultur khas pesantren inilah yang membedakannya dengan sistem pendidikan di luar pesantren yang meliputi nilai keikhlasan, nilai kesederhanaan, nilai kemandirian, nilai persaudaraan yang dilandasi oleh semangat agama dan nilai kebebasan. Santri melakukan kegiatan dari bangun tidur dipagi hari sampai menjelang akan tidur, santri telah ditempa dengan aktifitas yang selalui bernilai sehingga karakter santri atau siswa pun terbentuk. Pendidikan karakter merupakan penanaman kebiasaan (habit) tentang hal-hal yang baik dalam kehidupan, sehingga seseorang memiliki kesadaran dan pemahaman yang tinggi, serta kepedulian dan komitmen untuk menerapkan kebajikan dalam kehidupan sehari-hari. Pelaksanaan pendidikan karakter dapat dilakukan secara terintegrasi dalam setiap keseharian, baik melalui pembelajaran dikelas maupun dilingkungan luar kelas, maka hanya di pondok pesantren  kegiatan tersebut lebih mudah untuk dilaksanakan, dimana  siswa atau santri dapat terkontrol dengan lingkungan yang telah terbentuk