Secara epistemologis model pendidikan di Indonesia di bangun melalui tahapan setapak demi setapak. Model pendidikan paling awal diperkenalkan di Indonesia adalah model per-cantrik-an, model ini menempatkan pendidik (resi, master, ustadz) sebagai guru sekaligus pemimpin spiritual secara individu. Kedua, model pendidikan dalam bentuk padhepokan atau biara, model ini mendapat inspirasi model guru-kula dari India, dalam model ini kepemimpinan pendidikan mulai bersifat kelembagaan. Ketiga, model pendidikan pesantren,  model ini mendapat inspirasi model persaudaraan Sufi, Kuttab, Ribat, dan Hankah yang dikombinasi dengan model pendidikan guru-kula yang diberi corak ke-Islam-an, pendidikan tidak hanya bersifat profan, melainkan juga sakral. Keempat, model persekolahan (schooling system), model ini dibawa ke Indonesia oleh kolonialis Belanda, model ini mengacu pada  desakralisasi peran pimpinan lembaga pendidikan. Kelima, model madrasah, model ini merupakan kombinasi antara model sekolah umum dengan model pesantren,  jadi pelajarannya adalah materi umum yang bermuatan nilai-nilai agama Islam.