Metode kaisa adalah cara menghafal al-Quran yang berorientasi pada hafalan dan pemahaman ayat al-Quran beserta artinya melalui gerakan atau kinestetik yang disesuaikan dengan arti setiap ayat sehingga memberikan kemudahan santri untuk memahami dan mengingat setiap ayat al-Quran yang diberikan. Tahapan metode kaisa : Guru memberi salam, menyiapkan atau memberi aba-aba kepada santri persiapan proses belajar mengajar, presensi kehadiran santri, membaca basmalah dan doa sebelum belajar, Murojaah atau mengulang hafalan, tambahan hafalan dengan membaca ayat perkata dengan gerakan/kinestetik, menjelaskan hukum tajwid serta maknanya/tafsirnya, santri melafalkan ayat secara berulang-ulang sampai ayat tersebut dihafal, satu per satu santri melafalkan ayat sesuai hukum tajwidnya dan menerjemahkan per kata, guru menyimak hafalan ayat yang dihafalkan oleh masing-masing santri, guru membenarkan jika ada kesalahan dengan hukum tajwid serta artinya, setelah ayat pertama dihafal, guru membimbing santri untuk lanjut ke ayat berikutnya dengan perlakuan yang sama, merefleksi pembelajaran dengan memberi game sambung ayat (yaitu hafalan surat-surat secara berkesin- ambungan), penutup pembelajaran dengan doa senandung al-Quran dan doa kafaratul majelis secara berjamaah.