Kebebasan masyarakat dalam menyampaikan pengaduan tidak terkecuali kepada Presiden RI. Jumlah pengaduan masyarakat kepada Presiden RI menunjukan tren kenaikan setiap tahunnya, dengan jumlah signifikan di era Pemerintahan Joko Widodo. Seiring dengan tingginya tuntutan masyarakat terhadap penyelesaian masalah di lembaga kepresidenan dan kecepatan dinamika lingkungan, maka penguatan kapasitas kelembagaan Kementerian Sekretariat Negara sangatlah vital. Namun dalam praktiknya penyelenggaraan penanganan pengaduan masih jauh dari harapan, yakni banyak pengaduan yang belum mendapatkan penyelesaian dari instansi terkait, belum terbentuknya sinergisitas penanganan pengaduan, dan mekanisme kerja yang masih konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kapasitas kelembagaan yang perlu diperkuat dalam menyelenggarakan penanganan pengaduan masyarakat kepada Presiden RI. Peneliti menggunakan pendekatan post positivisme dengan metode penelitian kualitatif melalui wawancara mendalam dan studi dokumentasi. Hasil penelitian menunjukan bahwa perlu penguatan kapasitas kemampuan SDM dalam menjalankan tugas dan fungsi public complaint handling melalui pendidikan dan pelatihan, pengembangan dan pemanfaatan sistem teknologi dalam mengelola dan menganalisis data pengaduan serta memperlancar proses bisnis yang masih terkendala, proses evaluasi kinerja penanganan secara menyeluruh, pembentukan payung hukum sebagai pedoman penanganan pengaduan masyarakat kepada Presiden RI, dukungan dari pimpinan, dan kerja sama secara kelembagaan antar mitra pengelola pengaduan dalam menangani pengaduan masyarakat kepada Presiden RI.