Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari pengaruh penggunaan asam amino lisin dalam proses enkapsulasi probiotik Lactobacillus fermentum (LF) terhadap jumlah mikroba dan nilai pH, sehingga diperoleh dosis asam amino lisin yang optimal dalam enkapsulasi probiotik Lactobacillus fermentum. Materi yang digunakan penelitian ini adalah isolat bakteri Lactobacillus fermentum, asam amino lisin, Zwavelzure Ammoniak (ZA), maltodekstrin, dan tepung maizena. Metode  penelitian ini adalah eksperimen menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) yang terdiri dari 5 perlakuan dan 4 ulangan. Perlakuan yang digunakan dalam penelitian ini adalah penggunaan asam amino lisin sebagai pengganti ZA dalam proses enkapsulasi probiotik LF, yang meliputi P0=ZA 1%, P1= asam amino lisin 1%, P2= asam amino lisin 1,6%, P3= asam amino lisin 2,2%, dan P4= asam amino lisin 2,8%.  Analisis ragam penggunaan asam amino lisin menunjukkan pengaruh yang tidak nyata (P>0,05) terhadap jumlah mikroba dan berpengaruh sangat nyata (P<0,01) terhadap nilai pH. Rata-rata jumlah mikroba (cfu/g)  yaitu P0=5,33x 109, P1=7,37 x 109, P2=8,45 x 109, P3=7,70 x 109, P4= 9,93 x 109. Untuk nilai pH memiliki rata-rata P0= 2,65a, P1= 2,66a, P2= 2,67a, P3= 2,69a, P4= 2,84b. Kesimpulan penelitian ini adalah penggunaan asam amino lisin pada enkapsulasi probiotik LF cenderung menaikkan jumlah mikroba dan menurunkan nilai pH. Disarankan menggunakan bahan asam amino lisin dosis 2,8% sebagai nutrient bagi mikroba LF terenkapsulai karena lebih aman bagi ternak nonruminansia. Kata kunci : enkapsulasi probiotik, asam amino lisin, jumlah mikroba, nilai pH.