Kedudukan Pengadilan Pajak menurut Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak adalah pengadilan yang melaksanakan kekuasaan kehakiman. Kemandirian Hakim dalam Pengadilan Pajak masih menggunakan “dual roof system” dimana di berbagai peradilan telah menganut “one roof system”. Sehingga dalam penelitian ini terdapat dua rumusan masalah yakni: 1) Bagaimana kedudukan pengadilan pajak menurut UU Pengadilan Pajak? 2) Bagaimana kemandirian hakim dalam menyelesaikan sengketa pajak? Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penelitian hukum normatif dengan menggunakan dua metode pendekatan yakni pendekatan perundang-undangan dan pendekatan konsep. Dan hasil penelitian diperoleh bahwa 1) Kedudukan Pengadilan Pajak menurut Undang-Undang Nomor 48 tahun 2009 tentang Kekuasaan Kehakiman Pasal 27 ayat (1) jo Undang-Undang Nomor 51 Tahun 2009 tentang Pengadilan Tata Usaha Negara bahwa Pengadilan Pajak sebagai pengadilan khusus yang berada di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara. 2) Kemandirian hakim dalam Pengadilan Pajak masih menganut “dual roof system” yakni disatu sisi berada dalam Kementerian Keuangan sedangkan disisi lain berada dalam Mahkamah Agung, hal demikian dapat menyebabkan tidak ada kemandirian hakim dalam memutus sengketa dibidang pajak.