Kewenangan Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan dalam sistem ketatanegaraan Republik Indonesia dalam rangka melakukan penilaian kerugian keuangan negara, ternyata memiliki konflik norma dengan kewenangan yang dimiliki oleh Badan Pemeriksa Keuangan. Maka permasalahan yang diteliti adalah kedudukan Badan Pemeriksa Keuangan dan Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan dalam sistem ketatanegaraan Republik Indonesia dan mengenai lembaga negara manakah yang berwenang menilai kerugian keuangan negara dalam tindak pidana korupsi. Berdasarkan kajian penelitian normatif, maka dapat disimpulkan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan merupakan lembaga yang dibentuk berdasarkan perintah Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, yang memiliki wewenang berdasarkan kewenangan atribusi. Sedangkan Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan merupakan lembaga yang dibentuk berdasarkan perintah Keputusan Presiden, yang memiliki wewenang berdasarkan kewenangan delegasi. Saran yang dapat diambil adalah diperlukan sebuah undang-undang baru mengenai pembubaran Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan, sehingga lebih menguatkan kedudukan Badan Pemeriksa Keuangan. Sedangkan saran untuk menyelesaikan konflik kewenangan terkait penilaian kerugian keuangan negara adalah diperlukan pengujian peraturan perundang-undangan oleh Mahkamah Agung terkait dasar wewenang Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan dan Inspektorat terhadap dasar wewenang Badan Pemeriksa Keuangan.