Geography with a dominance of marine areas are scattered in small islands (island group), resulting in high transportation costs, the level of isolation, poor accessibility, lack of infrastructure and transportation affect to economic growth in the region Province of Maluku. These study are policy and case study, using the method of gap analysis, descriptive qualitative to find out how people's satisfaction with the performance, characteristics of transportation development priorities and strategies. In general, transport services is still far from adequate, although subsidies from the government, especially in the islands group in the East and South. Required system integration between modes of air transport services and water transport (pioneering sea transport, cruise people, and Ferry transportation).Keywords: Service Performance, Inter-islands Cluster, Regional Transport, Ferry Transport Geografi dengan dominasi wilayah laut yang tersebar di pulau-pulau kecil (kelompok pulau), mengakibatkan biaya transportasi yang tinggi, tingkat isolasi, aksesibilitas masyarakat miskin, kurangnya infrastruktur dan transportasi berpengaruh terhadap pertumbuhan ekonomi di Propinsi wilayah Maluku. Pendekatan kebijakan dan studi kasus ini menggunakan metode analisis kesenjangan, deskriptif kualitatif untuk mengetahui bagaimana kepuasan masyarakat, kepuasan dengan kinerja transportasi, karakteristik pembangunan transportasi dan prioritas strategi. Secara umum, layanan transportasi masih jauh dari memadai, meskipun subsidi dari pemerintah, terutama pada kelompok pulau-pulau di Timur dan Selatan. Sistem yang diperlukan integrasi antara moda, layanan transportasi udara dan transportasi air (angkutan laut perintis, pelayaran rakyat, transportasi penyeberangan). Kata kunci: Kinerja, Antar Kepulauan, Transportasi Wilayah, Transportasi Penyeberangan.