Ada tiga penyebab perhitungan subsidi yang diperkirakan menjadi tidak transparan dan akuntabel: (i) belum ditetapkannya komponen biaya yang dapat diperhitungkan (allowable cost) dan tidak dapat diperhitungkan (non allowable cost) dalam subsidi KA, (ii) belum ditetapkannya besaran biaya penggunaan prasarana perkeretaapian (TAC) oleh KA kelas ekonomi, dan (iii) belum diperkenankannya KRL AC memperoleh subsidi. Padahal, penumpang angkutan kereta api semakin hari semakin meningkat karena angkutan ini mampu mengangkut penumpang secara masal dan tidak terkena macet. Dukungan yang diberikan Pemerintah belum mampu menentukan siapa sebenarnya penumpang yang berhak menerima subsidi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa penetapan besaran TAC menjadi faktor penting dalam perhitungan PSO kereta api kelas ekonomi. Selanjutnya, regulasi yang mengatur biaya yang dapat diperhitungkan dan tidak dapat diperhitungkan segera diterbitkan pada tahun 2013. Hal lainnya yang menjadi perhatian adalah sudah waktunya Pemerintah meniadakan KRL kelas ekonomi yang panas, gelap, bau dan jorok. Pemberian subsidi dialihkan ke KRL AC.