Sebagai pelabuhan umum yang dikelola Pelindo III Cabang Maumere, Pelabuhan Ende dan Ippi memiliki keunggulan karena memiliki kedekatan dengan sumber komoditas berupa hasil pertanian seperti jagung, kopi, biji jambu mete, perikanan tangkap dan sebagainya, namun operasionalnya sangat tergantung pada cuaca, karena di sana ada musim angin timur atau angin barat. Akibatnya, dermaga pelabuhan tak bisa dipakai sandar kapal sepanjang tahun, sehingga kegiatan bongkar/muat tak bisa optimal, untuk itu Pemerintah mengusulkan agar pengelolaan Pelabuhan Ippi dikembalikan ke Kementerian Perhubungan, agar dapat berkembang lebih pesat dan dapat mendorong perekonomian NTT. Dengan dikelola Kemenhub, anggaran pengembangannya akan berasal dari APBN. Tujuan kajian adalah untuk mengevaluasi pengelolaan Pelabuhan yang diusahakan oleh PT. (Persero) Pelindo I – IV yang merugi. Metode analisis yang digunakan adalah analisis Diskriptif kuantitatif.Hasil kajian menunjukkan Pelabuhan Ende dan Pelabuhan Ipi secara fisik kedua dermaga tersebut serta trestlenya mengalami kerusakan yang cukup parah dan menurut responden keberadaan pelabuhan Ende berada di bawah standard, ini mengambarkan bahwa pelabuhan Ende secara rata-rata mendekati penilai buruk. Penilaian yang paling rendah diberikan pada fasilitas pelabuhan karena kapasitas dan peralatan yang ada dianggap belum memadai. Agar Pelabuhan Ende dan Ippi berkembang lebih pesat dan dapat mendorong perekonomian di NTT, pelabuhan tersebut dikembalikan pengelolaanya kepada Kementerian Perhubungan, sehingga dana pengembangan pelabuhan bisa berasal dari APBN.