PSO PT Pelni mulai diberikan oleh pemerintah tahun 2003. Awalnya anggaran yang disediakan sekitar Rp80 miliar dan dalam satu dasawarsa meningkat menjadi Rp726,5 miliar. Dalam pelaksanaan PSO, PT Pelni sering melebihi anggaran yang disediakan APBN. Hal ini dibuktikan dengan hasil pemeriksaan BPK yang menunjukkan bahwa PT Pelni dalam melakukan penugasan justru melebihi pagu besaran PSO yang ditetapkan dalam APBN. Penyebabnya adalah (i) penyusunan biaya pokok penyediaan PSO belum sesuai dengan kondisi perekonomian, dan (ii) aturan yang membatasi bahwa bila ada kekurangan pembayaran akibat pelaksanaan PSO tidak dapat ditagihkan ke APBN. Tujuan dari penulisan artikel ini adalah menganalisis komponen biaya dan memformulasikan biaya pokok penyediaan (BPP) PSO Pelni kelas ekonomi. Adapun metode analisis yang digunakan dalam penyusunan biaya pokok direflesikan dengan Subsidi diperoleh dari selisih tarif yang ditetapkan pemerintah dengan tarif yang diusulkan PT Pelni. Hasil analisis menunjukkan bahwa penyusunan biaya yang realistis dan mendekati aspek keekonomian mulai terlihat dalam APBN 2015 bahwa alokasi PSO Pelni sebesar Rp1,60 triliun. Untuk itu, dimasa mendatang, Pemerintah perlu merevisi Peraturan Menteri Perhubungan (PM) nomor 57 tahun 2006 dan Peraturan Menteri Keuangan (PMK) nomor 173 tahun 2013 agar parameter dan indikator penentu biaya-biaya kategori PSO dapat disusun dengan transparan dan akuntabel serta menghindari multi interpretasi dari semua pihak.