Pelaksanaan koordinasi horisontal tidak terjadi hubungan yang harmonis antara penyidik dan penuntut umum akibat lemahnya kualitas sumber daya manusia dalam hal ini penyidik dan penuntut umum yang mengakibatkan terjadinya perbedaan pemahaman terhadap suatu perkara yang dihadapi. Kemudian upaya hukum yang dapat dilakukan oleh penuntut umum jika penyidik menerbitkan SP-3 ditingkat penyidikan adalah penuntut umum dapat melakukan praperadilan sesuai Pasal 80 KUHAP dengan menyebutkan alasan-alasannya. Demikian pula jika penuntut umum menerbitkan SP-3 di tingkat penuntutan maka penyidik dapat melakukan upaya praperadilan sesuai Pasal 80 KUHAP. Akan tetapi dari hasil penelitian terhadap data Pengadilan Negeri Makassar terhadap perkara praperadilan sepanjang Tahun 2003 s/d Tahun 2006 hanya terdapat 2 (dua) perkara praperadilan yang diajukan dalam hubungannya dengan SP-3. Disamping itu penyidik dan penuntut umum tidak pernah melakukan upaya praperadilan terhadap SP-3 yang diterbitkan baik di tingkat penyidikan maupun penuntutan. Hal ini menunjukkan bahwa terdapat kelemahan dalam proses pengawasan secara horisontal antara penyidik dan penuntut umum.