Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh macam media organik dan konsentrasi zat pengatur tumbuh (ZPT) Atonik terhadap pertumbuhan bibit kakao. Percobaan telah dilaksanakan di Desa Banyuning, Kecamatan Buleleng dengan ketinggian tempat ± 100 m dari permukaan laut. Percobaan berlangsung selama 3 bulan yaitu dari bulan Juni 2018 sampai dengan bulan September 2018. Rancangan percobaan dengan menggunakan rancangan acak kelompok (RAK) yang tersusun secara factorial yang terdiri dari 2 faktor yaitu faktor pertama adalah konsentrasi zat pengatur tumbuh atonik dan faktor kedua adalah macam media organik. Jenis media organik berpengaruh sangat nyata (p˂0,01) terhadap tinggi tanaman, jumlah daun, panjang akar, berat basah akar, berat kering oven akar, berat basah batang, berat kering oven batang, berat basah daun, berat kering oven daun, berat basah total dan berat kering oven total. Jenis media organik dengan menggunakan campuran tanah+pasir+bokashi (M1) memberikan berat kering oven total tertinggi yaitu 2,39 g dibandingkan jenis media organik campuran tanah + pasir (M0) yaitu 2,16 g, media organik campuran tanah + pasir + sekam (M3) yaitu 1,92 g dan campuran tanah + pasir + pupuk kandang (M2). Pemberian zat pengatur tumbuh atonik berpengaruh sangat nyata (p˂0,01) terhadap berat kering oven total. Pemberian ZPT Atonik dengan konsentrasi 2 cc.l-1 memberikan berat kering oven total tertinggi yaitu 2,38 g. Interaksi antara macam media organik dan konsentrasi zat pengatur tumbuh atonik berpengaruh tidak nyata (p≥0,05) terhadap hampir semua variabel yang diamati, tetapi berpengaruh sangat nyata terhadap tinggi tanaman umur 28 hst dan 70 hst, diameter batang umur 28 hst dan berat kering oven daun. Berpengaruh nyata terhadap diameter batang umur 42 hst dan 84 hst, dan berat kering oven akar.