Penelitian ini adalah penelitian tentang kiprah Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) Papua di Kota Jayapura dalam upaya  membangun harmoni kerukunan umat beragama (KUB) di Jayapura. Masalah peenelitian Bagaimana perspektif dan praktek KUB dari kelompok YAPIS Papua?, dan bagaimana meletakkan perspektif dan praktek KUB dari YAPIS dalam konteks Papua?.Penelitian dilakukan dengan metode kualitatif deskriptif. YAPIS Papua mengembangkan perspektif tentang KUB didasarkan pada pandangan tentang Islam yang moderat dan inklusif yang dibangun di atas prinsip Islam rahmatan lil alamin. Melalui lembaga pendidikan dari jenjang PAUD hingga  perguruan tinggi YAPIS berkiprah sebagai lembaga pendidikan yang terbuka, inklusif, dan toleran dengan memberikan pelayanan pendidikan yang sama kepada putra-putri Papua tanpameihat latar belakang etnik dan agama. Prinsip Islam yang moderat dan toleran diperkenalkan kepada peserta didik melalui kurikulum Pendidikan Agama Islam dan ke-YAPIS-an melalui kurikulum berbasis kemajemukan. YAPIS di Tanah Papua dalam setengah abad kiprahnya telah berhasil mengembangkan role of model tolerans yang tepat untuk konteks masyarakat Papua yang multikultur. Secara sosioogis, YAPIS berhasil merekatkan jarak antara ke-Islam-an dan ke-Kristen-an di Tanah Papua melalui kiprahnya di dunia pendidikan.