Penelitian ini merupakan penelitian pengembangan yang bertujuan mengembangkan perangkat pembelajaran biologi berbasis integrasi spiritual Islam melalui pendekatan saintifik yang vali, praktis, dan efektif. Penelitian pengembagan ini dilakukan dengan mengadaptasi model penelitian pengembangan  dari Thiagarajan yang dikenal dengan 4-D yaitu pendefinisian, perancangan, pengembangan, dan penyebaran. Data kevalidan perangkat yang dikembangkan  diperoleh melalui penilaian ahli dan praktisi dengan instrument berupa lembar validasi perangkat yang dikembangkan. Data kepraktisan diperoleh dengan instrumen lembar pengamatan keterlaksanaan pembelajaran. Sedangkan data efektivitas perangkat pembelajaran yang sudah dikembangkan  diperoleh dari; observasi kemampuan pengelolaan pembelajaran,  tes hasil  belajar, angket respon peserta didik,  dan observasi sikap spiritual peserta didik. Hasil analisis data penelitian menunjukkan bahwa pengembangan perangkat pembelajaran biologi berbasis integrasi spiritual Islam melalui pendekatan saintifik memiliki nilai kevalidan 3,46 yang berarti sangat valid. Kepraktisan perangkat pembelajaran yang dikembangkan memenuhi kriteria  praktis dengan nilai kepraktisan sebesar 0,76. Perangkat pembelajaran yang dikembangkan dalam penelitian ini seluruhnya berada pada kategori efektif;   kemampuan guru mengelolah pembelajaran sebesar 3,5 kategori sangat baik, ketuntasan belajar (T) peserta didik 86,67%, respon peserta didik terhadap modul yaitu 100% memberi respon positif, respon terhadap LKPD 93% memberi respon  positif, dan sikap spiritual peserta didik selama proses pembelajaran sebesar 2,3 kategori  sangat baik.