Ketika terjadi konflik dalam masyarakat, agama sering kali dibawaserta sebagai faktor legitimasi penyebab konflik dengan maksud untukmenggalang solidaritas yang lebih besar dari sesama umat. Dalamsuasana konflik, agama sering kali menjadi titik singgung paling sensitifdan eksklusif dalam interaksi sosial masyarakat plural. Di Provinsi NusaTenggara Timur yang penduduknya plural, baik dari segi etnis, budaya,agama, dan lainnya. Kerukunan masyarakatnya sudah terbina sejakdahulu, namun secara kasuistik terjadi peristiwa yang bisa digolongkankonflik bernuansa agama. Kasus paling menonjol adalah pencemaranHostia Kudus.Penelitian ini berkesimpulan bahwa kerusuhan 30 Nopember 1998,mengganggu kerukunan umat beragama di Kota Kupang khususnya,dan NTT umumnya. Pada satu sisi menimbulkan dampak psikologisyang negatif bagi umat Islam, terutama bagi pendatang. Dampakpsikologis ini masih memerlukan penanganan yang baik. Namun padasisi lain, menimbulkan usaha-usaha perbaikan yang hasilnyamemperlihatkan terpelihara dan terbinanya kerukunan. Kendala utamadalam upaya peningkatan kegiatan dan program kerja kerukunan adalahmasalah dana. Kendala lainnya dalam proses integrasi masyarakat ialahbersifat psikologis dan kultural.