Kehadiran madrasah di Papua sering dituduh sebagai bagian dari Islamisasi. Padahal kehadiranmadrasah di daerah itu lebih banyak diperuntukkan untuk menyediakan pendidikan bagi anak-anakpara pendatang yang kebanyakan muslim. Penelitian ini ingin mencoba melacak sejarah perkembangandan dinamika madrasah di tanah papua. Penelitian dilakukan dengan pendekatan kualitatif denganobyek sasaran seluruh daerah di Papua. Penelitian ini menemukan data bahwa madrasah di Papuasudah ada sejak awal abad 19. Namun perkembangan madrasah sering terputus karena terbatasnyaSumber Daya manusia yang mengembangkannya. Madrasah berkembang secara masif sejak hadirorganisasi yayasan pendidikan islam (YAPIS) yang berdiri tahun 1968, sebuah yayasan yang menaungisemua yayasan/organisasi penyelenggara madrasah termasuk NU dan Muhammadiyah. Penelitianini merekomendasikan perlunya madrasah membuka diri untuk melayani siswa non muslim dengankewajiban menyediakan guru agama sesuai dengan agama murid dan perlunya kementerian agamamengirim guru-guru berkualitas di papua.