Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap pelaksanaan dan inovasi pembelajaran pendidikan agamaserta factor pendukung dan penghambat pembelajaran pendidikan agama pada YPK.KM SMA KatolikSt. Thomas Aquino Manado dengan menggunakan metode Kualitatif. Hasil penelitian menunjukkanbahwa penerapan pembelajaran pendidikan agama dan pendidikan keagamaan diimplementasikansecara integrasi yang dilaksanakan pada dua tempat yaitu: sekolah (kelas) dan gereja. Dimana,sebelum dan sesudah pembelajaran dilakukan ibadah (misa bersama), berdoa dengan menggunakandua bahasa Indonesia dan inggris. Sedangkan kurikulum diatur lewat KWI, silabus yang digunakanmengacu/berpedoman pada Diknas dan Kemenag serta yayasan yang di kombainkan kedalam RPP.Sumber reverensi adalah Kementerian Agama dan KWI, sehingga peserta didik yang beragama lainmenerima materi hanya sebatas ranah kognitif dengan penilaian secara pluralitas. Faktor pendukung;merupakan sekolah unggulan, latar belakang pendidik adalah rata-rata sarjana, pihak sekolah danyayasan membangun komunikasi dan koordinasi secara berkesinambungan dalam mewujudkankerukunan dan keharmonisan sesama warga sekolah, sedangkan Faktor penghambat; terbatasnya guruagama, keterbatasan dalam berimvrofisasi, dan proses pembelajaran mengacu pada visi misi dan tujuanorganisasi sekolah, serta orang tua dan masyarakat menyepakati aturan pihak sekolah dan yayasan.