Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengetahui landasan-landasan yang mempengaruhi terbitnya fatwa MUI dan PERMENKES, dan (2) menjelaskan khitan perempuan dalam fatwa MUI dan PERMENKES dengan menggunakan tinjauan maqashid al-syari’ah. Penelitian ini berupa literature research (penelitian kepustakaan). Kemudian pendekatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan komparatif dengan tujuan untuk memperoleh persamaan dan perbedaan tentang khitan perempuan dalam Fatwa MUI No.9A Tahun 2008 dan PERMENKES No.6 Tahun 2014. Dalam penelitian ini diperoleh dua hasil penelitian, (1) landasan terbitnya Fatwa MUI No.9A Tahun 2008 ialah untuk menghidupkan sunnah adanya khitan pada perempuan sebagai tanda pemuliaan bagi para perempuan. Sedangkan landasan terbitnya PERMENKES ialah disebabkan oleh adanya fenomena praktek khitan perempuan yang tidak higienis yang cenderung menghilangkan libido perempuan. (2) jika ditinjau menggunakan maqashid al-syari’ah, khitan perempuan dalam fatwa MUI menekankan pada syiar Islam yaitu hifdz al-diin (menjaga agama) dan hifdz al-nafs (menjaga jiwa). Sedangkan khitan perempuan dalam PERMENKES lebih menekankan pada hifdz al-nafs (menjaga jiwa), karena jika pelaksanaan khitan tersebut dengan menghilangkan secara total atau sebagian dari organ kelamin wanita, maka itu akan berdampak buruk pada fisik dan juga psikis seorang perempuan.Kata Kunci: Khitan; Fatwa MUI; PERMENKES; Maqashid Al-Syari’ah.