Latar belakang penelitian ini adalah peran organisasi pelajar pondok Fadllillah terhadap santri melalui pengamalan agama Islam karena peran pengurus merupakan bagian yang penting dalam pemberian bimbingan, arahan dan motivasi kepada para santri. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui peran organisasi pelajar pondok Fadllillah terhadap santri melalui pengamalan agama Islam di pondok. Dengan penelitian kualitatif ini diharapkan dapat meningkatkan peran pengurus dalam memberikan bimbingan terhadap santri melalui pengamalan agama Islam di pondok pesantren Fadllillah. Pada metodologi penelitian, Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif, dan jenis penelitian deskriptif. Teknik pengumpulan data menggunakan wawancara, observasi dan dokumentasi beserta sumber yang terkait dengan masalah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa organisasi pelajar pondok Fadlillah sangat berperan terhadap santri melalui pengamalan agama Islam santri di pondok sehingga mampu menciptakan keaktifan santri dalam melaksanakan amalan agama Islam di pondok, amalan agama Islam di pondok merupakan serangkaian kegiatan yang dibentuk agar santri dapat membiasakan diri dalam beribadah kepada Allah SWT.