Perguruan tinggi saat ini menjadi kebutuhan pokok masyarakat dalam pendidikan, namun tidak banyak perguruan tinggi yang bisa memberi pendidikan plus bagi mahasiswanya. Perguruan tinggi dalam pesantren banyak dilirik masyarakat, namun keraguan masyarakat akan perguruan tinggi dalam pesantren masih menghantui benak mereka. Dengan pertanyaan apakah perguruan tinggi dalam pesantren mampu memberi pelayanan yang baik kepada masyarakat sesuai dengan kebutuhan masyarakat dan bisakah memberi nilai-nilai keislaman sebagai ruh dari pesantren itu sendiri, penelitian ini dilakukan, Penelitian lapangan ini menggunakan metode kualitatif. Metode pengumpulan data menggunakan dokumentasi, observasi dan interview. Untuk menuju kepada kesimpulan yang diharapkan, penulis menjelaskan landasan teori yang berkenaan dengan konsep inovasi manajemen perguruan tinggi dalam pesantren serta bagaimana implementasinya, kemudian dipadukan dengan hasil data yang diperoleh untuk merumuskan kesimpulan yang akurat. Dalam penelitian ini disimpulkan bahwa Universitas Pesantren Tinggi Darul Ulum (Unipdu) telah melakuan inovasi dan mengimplementasikan manajemen perguruan tinggi secara umum. Secara umum Unipdu menjadi perguruan tinggi alternatif masyarakat dengan indikator mahasiswa setiap tahunnya semakin meningkat dan output-nya banyak berkiprah ditengah-tengah masyarakat.Abstract: The college is currently one of the main needs in education, but not many universities can provide proper education for students. Higher education in the pesantren (Islamic boarding school) is often ogled by the society, but they are often still in doubt of colleges quality in the pesantren. Set out from the question of whether higher education at the pesantren is able to provide good service to the public in accordance with society needs, and able to provide the values of Islam as pesantren spirit itself, this field research conducted by qualitative methods is necessary. To collect data, the researcher uses documentation, observation and interviews. To achieve the expected conclusion, the researcher describes the theoretical basis of the concept of innovation management in the pesantren and colleges as well as it’s implementation, then combined with the results of the data obtained in order to achieve an accurate conclusion. In this study, the researcher concluded that the High Pesantren University of Darul Ulum (Unipdu) has been innovating and applying the college management. Unipdu into college alternatives characterized by an increased number of students annually. In addition, the graduates of Unipdu also active in the society.