Pemboman WTC 11 September 2001 telah melahirkan sebuah stigmaterhadap Islam, yaitu teroris dan al-Qaeda sebagai tertaduh. Di AsiaTenggara, kasus bom Bali juga mengidentifikasi adanya jaringan al-Qaedayang kemudian dikenal dengan nama Jama'ah Islamiyah. Banyak teori yangdikemukakan oleh ilmuwan-ilmuwan di berbagai belahan dunia tentangfenomena radikalisme Islam ini. Di antara teori tersebut mengatakanbahwa radikalisme agama yang terjadi di berbagai belahan duniamerupakan resistensi agama terhadap lsu modernisasi dunia. Di AsiaTenggara, munculnya radikalisme Islam lebib dipicu oleh sikap sikappermerintah terhadap umat Islam. Walaupun demikian, Jama'ah Islamiyahtetap merupakan misteri; eksistensinya tidak bisa dibuktikan, namunfenomenanya ada di mana-mana. Banyak pihak akhirnya mengaitkankeberadaan Jama'ah Islamiyah dengan keberadaan berbagai pesantrengaris keras di Indonesia. Artikel ini berusaha untuk mengidentifikasihubungan antara keberadaan organisasi Jama'ab Islamiyab dengatkelompok-kelompok teroris yang akhir-akhir ini telah memperburuk citraIslam.