Mencuatnya perbincangan persoalan integrasi ilmu ke permukaan, sebenarnya merupakan suatu upaya untuk mencermati dinamika kehidupan dan keilmuan yang dikotomik di dunia Islam. Upaya untuk mengintegrasikan dan menginterkoneksikan berbagai keilmuan Islam dengan sains adalah daya upaya dan sekaligus sebagai jawaban mendesak atas kelemahan dan kekurangan di kalangan umat Islam dibandingkan paradigma ilmu Barat. Telah berabad-abad kaum muslimin terpenjara dalam pemahaman keagamaan yang sempit dan tidak rasional. Seakan-akan mengkaji alam semesta bukan merupakan perbuatan agama. Terjadi pemisahan secara tegas antara urusan dunia dengan akhirat, antara sains dengan agama, antara ilmuwan dengan ulama. Konsekuensinya, dunia Islam tertinggal jauh dari kemajuan sains Barat. Sadar akan keterbatasan dari terpaan dan tamparan sains, ilmu pengetahuan dan teknologi Barat, PTAI Se-Indonesia berbenah diri, melakukan perombakan dan perubahan serius. Perubahan STAIN menjadi IAIN dan konversi IAIN menjadi UIN masih menyisakan problema besar, rumit dan pelik, terutama terletak pada persoalan pengembangan paradigma integrasi ilmu, pilar spritualitas dan model implementasinya. Model pengembangan paradigma integrasi ilmu yang dikembangkan di UIN Suka Yogyakarta terkonsentrasi pada simbol jaring laba-laba dan UIN Maliki Malang bersimbolkan pohon ilmu.