This paper discusses the problem regarding to the integrative knowledgeconcept at the four Islamic higher education —namely the State Islamic University,(UIN Sunan Kalijaga) Yogyakarta, the Indonesia Islamic University (UII) Yogyakarta,the Muhammadiyah University of Surakarta (UMS), and the Wahid Hasyim Universityof Semarang (UNWAHAS). This is a field research study with using the snow balltechnique and the focus of discussion group for interview toward the primary resourcepersons, and using the crucial documents from the subjects elected with using the eclecticdata analyzes. This study uses a history-phenomenology perspective.The result of study toward the four universities put into practice in difference conceptfor each universities regarding to the new form on the relation of modern sciences andIslam as an effort completely building of Islamic sciences. The Sate Islamic University,Sunan Kalijaga, Yogyakarta follows the concept of integrative-interconnected knowledgewith combining the Islamic Knowledge Wealth, hadlarah al-nash, hadharah alfalsafah,and hadlarah al-’ilm. UII gave their lectures on having free choice to theconcept of Islamization of Knowledge, Scientification of Islam, and/or Integrative-Interconnected Knowledge. UII also takes the developing model on the concept of IslamicUniversity. UMS is more closely with the concept of interconnective knowledge withstrongly promoting to the Islamic economy, the professional medical doctor, the newruling elite in politics, and other sector in the life. UNWAHAS has not use an integrativeinterconnectedconcept but promoting the values of Islam (ruh) to appreciate the choiceof knowledge paradigm between scientification of Islam and integrativeinterconnectedknowledge.Key words: modern sciences; Islam; integrative knowledge.Makalah ini membahas konsep integrasi keilmuan di empat perguruan tinggiIslam, yaitu Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga, Universitas Islam Indonesia (UII)Yogyakarta dan Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS) Surakarta danUniversitas Wahid Hasyim (UNWAHAS) Semarang. Penelitian ini adalah penelitianlapangan, data dikumpulkan dengan metode wawancara, focus group discussion, dandokumentasi dengan analisis data mengedepankan analisis eklektik. Pendekatan yangdigunakan dalam penelitian ini adalah historis-fenomenologis. Hasil penelitian tentang Perdebatan tentang hubungan agamadan sains akhir-akhir ini menarik didiskusikan,karena terdapat beragam pendapattipologi hubungan keduanya.1Di antara tipologiitu yang sering menjadi sorotan ialahmasalah integrasi ilmu dan agama.Isu bertambahmenarik karena, pertama, pandangantentang kapan agama memberi spiritdalam pengembangan sains dan bagaimanakeduanya (sains dan agama) berjumpa.2 Kedua,dalam ranah kelembagaan pendidikandi Indonesia, isu itu menjadi lebih kompleksketika terjadi perluasan mandat wilayahkeilmuan IAIN. Semula IAIN hanya mengelolaprogam studi mayoritas ilmu-ilmuagama bertransformasi menjadi UIN yangmengelola beragam program studi, tambahanprogram studi itu di antaranya ialahprogam studi ilmu–ilmu sosial-humaniora,progam studi sains dan teknologi.Mulai tahun 2002-2004 tiga IAIN diIndonesia menjadi Universitas Islam Negeri:(1) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta,(2) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, (3)UIN Maulana Malik Ibrahim, Malang.3Transformasi dari IAIN ke UIN menandakandimulainya gagasan integrasi sainsIslam dengan sains sekuler, dalam Univerkonsepkeilmuan ini adalah bahwa format baru hubungan sains dan Islam dalam upayamembangun sains Islam seutuhnya di perguruan tinggi berbeda-beda dan memilikidistingsi masing-masing. Di UIN Sunan Kalijaga menganut paradigma integrasiinrerkoneksikeilmuan dengan merajut trilogi khazanah keilmuan hadlarah al-nash,hadharah al-falsafah, dan hadlarah al-’ilm. UII memberikan kebebasan kepada tenagapengajarnya mengambil pilihan paradigma keilmuan bisa islamization of knowledge,scientification of Islam, integration-interconnection). UMS lebih dekat pada konsepinterkoneksi dengan penekanan kuat kearah ekonomi Islam, tenaga medis kesehatan “dokterprofesional, membangun elit baru di dunia politik dan sektor-sektor yang lain. Unwahastidak menggunakan konsep integrasi-interkoneksi tetapi mengedepankan ruh Islam untukmengapresiasi pilihan paradigma keilmuan antara scientifation of Islam dan integrationinterconnetion.Keunikan konsep dasar keilmuan Unwahas adalah lahir atas pemikirandan prakarsa para ulama, intelektual, dan pengurus Jam’iyyah Nahdlatul ‘Ulama,diantaranya adalah menggunakan sistem pesantrenisasi tahfidul quran.Kata Kunci: sains modern; Islam; integrasi keilmuan.