Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui manajemen pembelajaran PAI bagi anak berkebtuhan khusus. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif. Data dikumpulkan menggunakan teknik observasi, wawancara dan studi dokumen. Dalam menganalisis data peneliti menggunakan teknik analisa kualitatif dengan langkah-langkah pemaparan data, reduksi data, dan penarikan kesimpulan. Temuan dalam penelitian ini ada empat, yaitu: (1) perencanaan pembelajaran telah dibuat oleh guru PAI yang didasarkan pada karakteristik kebutuhan khusus yang dimiliki peserta didik dan didokumentasikan dalam bentuk silabus dan rencana pelaksanaan pembelajaran, (2) pelaksanaan kegiatan pembelajaran PAI dilakukan dengan strategi pembelajaran yang beragam; pemilihan dan penggunaan metode pembelajaran yang variatif; dan pemanfaatan media pembelajaran, (3) evaluasi hasil belajar PAI bagi anak berkebutuhan khusus dilakukan dengan teknik tes dan nontes, dan (4) terdapat hambatan dalam pembelajaran PAI bersama anak berkebutuhan khusus, yaitu belum maksimalnya kompetensi guru PAI dalam membelajarkan dan minimnya buku pegangan (buku teks) PAI bagi anak berkebutuhan khusus sehingga pembelajaran PAI belum efektif dan efisien.