Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui implementasi Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) di MAN 4 Jakarta khususnya mencari tau mengenai bagaimana otonomi  yang  dimiliki MAN 4 Jakarta dalam mengembangkan mutu pendidikannya. Untuk menjelaskan keotonomian yang dimiliki MAN 4 tersebut menggunakan Teori  Caldwell dan Spinks, diantaranya: pengetahuan (knowledge), teknologi (technology), material (material), kekuasaan (power), manusia (people), waktu (time), dan keuangan (finance), Undang-undang tentan Sistem Pendidikan Nasional, Peraturan Pemerintah (PP) tentang Manajemen Berbasis Sekolah (MBS), Peraturan Menteri Agama (PMA) tantang Penyelenggaraan Pendidikan Madrasah. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi kasus. Pengumpulan data dilakukan dengan wawancara dan pengamatan, sebagai data primer berupa ,dokumen, naskah, dan arsip yang ada di MAN 4 Jakarta, diantaranya buku panduan, buku profil, brosur Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB), data potensi, data prestasi,  serta website MAN 4 Jakarta. Sedangkan data sekunder diperoleh dari kepustakaan berupa data pendukung yang diperoleh dari literatur seperti buku-buku, majalah, dan sumber lain yang dianggap relevan dengan sasaran peneltian. Pada kenyataannya di lapangan implementasi Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) tidak secara utuh memberikan kebebasan mutlak kepada sekolah/madrasah dalam mengatur sendiri kebijkan sekolahnya, namun tetap harus memenuhi dasar regulasi yang telah ditetapkan pemerintah terutama yang berkaitan dengan program peningkatan melek huruf dan angka (literacy and numeracy), efesiensi, mutu, dan pemerataan pendidikan. Dalam hal-hal tersebut, sekolah/madrasah tidak diperbolehkan untuk berjalan sendiri dengan mengabaikan kebijakan dan standar yang ditetapkan oleh pemerintah yang dipilih secara demokratis. Masukan yang diberikan yaitu pada pelaksanaan Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) perlu disertai seperangkat kewajiban serta monitoring dan tuntutan pertanggungjawaban (akuntabel) yang relatif tinggi, untuk menjamin bahwa sekolah/madrasah selain memiliki otonomi juga mempunyai kewajiban melaksanakan kebijakan pemerintah dan memenuhi harapan masyarakat. Dengan demikian, sekolah dituntut mampu menampilkan pengelolaan sumber daya  secara transparan, demokratis, tanpa monopoli, dan bertanggung jawab baik terhadap masyarakat maupun  pemerintah, dalam rangka meningkatkan kapasitas pelayanan terhadap peserta didik. Terkait dengan Implementasi Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) di MAN 4 Jakarta dapat disimpulkan sebagai berikut: Pertama, MAN 4 Jakarta memiliki kewenangan mengatur (otonomi) dalam berbagai aspek, diantaranya: pengetahuan, teknologi, kekuasaan, material, manusia, waktu, dan keuangan itu telah membuat mereka menjadi unggul, karena memiliki kekuatan yang bisa digunakan, memiliki kelemahan yang bisa diatasi, memiliki peluang yang bisa dimanfaatkan, dan mampu mengatasi ancaman menjadi tantangan yang bisa dicarikan solusinya secara bersama-sama. Kedua, MAN 4 Jakarta merupakan salah satu madrasah unggul, dikarenakan memiliki komitmen terhadap pembangunan Sumber Daya Manusia (SDM) dalam Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK), dan Iman dan Takwa (IMTAK), diantaranya dalam bidang rekrutmen (guru, tenaga kependidikan, siswa dan kegiatan pembelajaran), sarana dan prasarana yang dimiliki, kegiatan evaluasi yang dilakukan secara berkelanjuyan, prestasi akademik dan prestasi non kademik yang tinggi. Ketiga, MAN 4 Jakarta merupakan suatu prototipe madrasah yang sudah melaksanakan konsep Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) dengan baik.  Sehingga dapat menjadi inspirasi bagi madrasah lainnya yang juga memiliki otonomi namun belum mampu menjadi madrasah yang unggul atau bermutu.