Sistem presensi mahasiswa banyak dilakukan secara konvensional. Sistem presensi otomatis yang ada pun memiliki kinerja yang lambat dan tidak mampu diperbarui secara otomatis. Sistem presensi mahasiswa berbasis RFID menggunakan Raspberry Pi 3 diharapkan mampu menangani masalah-masalah tersebut. Sistem pada penelitian ini dibangun menggunakan modul RFID jenis MIFARE RC522, Raspberry Pi 3 model B, dan RTC DS1307. Prinsip kerja sistem ini yaitu menerima masukan berupa hasil identifikasi ID pada kartu RFID, kemudian hasilnya diolah Raspberry Pi 3 sekaligus menentukan respon, dan merekap data presensi pada server. Hasil presensi berupa nama mahasiswa dan mata kuliah ditampilkan pada LCD 16x2. Sebagai hasil akhir, server mengirim data presensi yang dapat ditampilkan pada komputer klien melalui situs web. Pengujian sistem menunjukkan jarak maksimal identifikasi ID sejauh 4,5 cm dengan rata-rata waktu pembacaan selama 150,53 ms. Penambahan RTC DS1307 menjadikan sistem tidak harus terhubung dengan internet untuk update secara otomatis. Selain itu, penelitian ini juga membuktikan bahwa penghalang kayu, karet, keramik, kaca, plastik, dan akrilik, tidak mempengaruhi jarak dan waktu dalam proses identifikasi kartu RFID. Namun penghalang jenis logam dapat menghalangi proses identifikasi kartu RFID.