Virtual laboratory berkembang pesat penggunaannya dalam pembelajaran sains karena terbukti memberikan manfaat yang signifikan terhadap proses dan hasil belajar sains. Keterbatasan fasilitas laboratorium dalam pembelajaran Biologi Molekuler pada Program Studi Pendidikan Biologi di salah satu LPTK di Kota Pekanbaru telah mendorong pengembangan aplikasi PCR virtual dan penggunaannya dalam pembelajaran Biologi Molekuler berstrategi modified free inquiry pada topik Polymerase chain reaction (PCR). Tujuan penelitian ini untuk meninjau persepsi mahasiswa terhadap penggunaan aplikasi PCR virtual serta mendeskripsikan dan membandingkan persepsi tersebut dengan hasil-hasil penelitian sebelumnya yang relevan. Ada lima aspek persepsi yang disurvei yaitu inovasi, motivasi, efektivitas, manfaat, dan penyajian prosedur praktikum. Hasil analisis data menunjukkan bahwa persentase persepsi positif paling besar adalah pada aspek inovasi dan penyajian prosedur praktikum (98%), diikuti oleh aspek motivasi (96%), aspek manfaat (88%), dan aspek efektivitas (86%). Berdasarkan hasil analisis data dapat disimpulkan bahwa   secara rerata sebagian besar mahasiswa (93%) mempunyai persepsi positif terhadap penggunaan  PCR virtual dalam pembelajaran Biologi Molekuler dan sebagian kecil (7%) yang memiliki persepsi negatif.